Structures géologiques
L’anticlinal du Mont Terri constitue le principal élément tectonique présent dans les roches étudiées. Il s’agit de l’anticlinal situé le plus au nord du Jura plissé.
Le laboratoire a été entièrement excavé dans des argiles à Opalinus, sur le flanc sud de l’anticlinal du Mont Terri. Dans la région du laboratoire, les couches ont un pendage d’environ 42 degrés vers le SSE.

Toutes les structures sont soigneusement répertoriées au sein du laboratoire souterrain. Les fractures résultent de trois processus différents :
- Failles naturelles, causées par les forces tectoniques
- Fractures induites lors du creusement des galeries
- Fissures dues à une alternance de phénomènes de dessèchement et de gonflement tout au long de l’année

Failles naturelles
Compte tenu de l’histoire tectonique des zones de failles ainsi que de la multitude de fractures de plus petite taille, l’argile à Opalinus est traversée de nombreux marqueurs de mouvement identifiables. Trois groupes de failles peuvent être observés dans la région du laboratoire souterrain: les failles plongeant vers le SSE (rouge), celles ayant une pente vers le S à SO (bleu clair) et celles ayant une pente vers l’ONO ou l’ESE (violet). Les deux premiers groupes sont nés du chevauchement et du plissement induits par la poussée alpine. Les failles plates à abruptes orientées vers l’ONO et celles ayant une pente vers l’ESE sont d’anciennes structures réactivées.
Il existe dans la région du laboratoire deux grandes zones de failles qui ne sont plus actives. Elles sont considérées comme des failles subsidiaires du décollement basal et du chevauchement qui y est associé.
On observe sur les surfaces de rupture des stries qui indiquent la direction et parfois même le sens du mouvement.
Fractures induites par le creusement
Outre les failles naturelles de la roche, on constate également la formation de fractures artificielles lors de l’excavation de cavernes et de tunnels. Les fractures de déconfinement se forment à peu près parallèlement à la paroi du tunnel. La zone concernée est appelée en anglais «excavation damaged zone» (EDZ), soit zone endommagée par le creusement. Avec les failles déjà existantes, ces nouvelles fractures forment un réseau de diaclases, qui peut atteindre jusqu’à 1 mètre de profondeur à partir de la paroi du tunnel. Jusqu’à 2 mètres de profondeur, on ne trouve plus que des fractures isolées.
Alternance de phénomènes de dessèchement et de gonflement tout au long de l’année
Le dessèchement de la roche dans le tunnel en hiver peut provoquer des fissures de contraction, qui se referment ensuite partiellement en été sous l’effet du gonflement des minéraux argileux, dans un air affichant 100% d’humidité. Cette alternance produit une sorte de cycle saisonnier des fissures et des fractures. Sur de longues périodes d’observation, on constate néanmoins que la tendance à la refermeture des fissures l’emporte (auto-cicatrisation).