Anfangs 2006 wurde die Landesgeologie dem Bundesamt für Landestopografie, swisstopo angegliedert. Seither ist swisstopo, das schweizerische Kompetenzzentrum für geologische Daten,  verantwortlich für Betrieb, Sicherheit und Unterhalt des Felslabors und leitet das Mont Terri Forschungsprojekt. Aufgrund der wachsenden strategischen Bedeutung des Felslabors – unter anderem weil sich das Labor im Opalinuston befindet, dem Wirtgestein für hochaktive Abfälle in der Schweiz– hat swisstopo entschieden, den Betrieb und die Sicherheit des Felslabors als eine der Kernaufgaben in die Landesgeologie aufzunehmen. Dazu gewährleistet der Bund eine neutrale und fachkompetente Leitung des Felslabors und ist für die Stabilität und Kontinuität des Projekts verantwortlich. Damit erhöht sich auch die Sicherheit gegenüber dem Autobahntunnel und den Benutzern des Felslabors.