Le projet du Mont Terri est piloté par les délégués de chacun des partenaires, qui forment le comité directeur (Steering Committee). Ce dernier est présidé par le directeur. Les délégués définissent la stratégie de recherche à suivre dans le cadre du projet du Mont Terri et valident les programmes annuels. L’équipe de gestion de swisstopo détachée à St-Ursanne met en œuvre le programme de recherche avec l’aide des responsables des essais et des prestataires. Les délégués débattent néanmoins également des propositions d’essai soumises par les responsables des essais et se chargent, après leur validation, de trouver les fonds nécessaires. Une même expérience peut fédérer autour d’elle plusieurs organisations partenaires; les coûts supportés par chacun des partenaires s’en trouvent alors réduits.

Il est responsable des volets scientifique et technique d'une expérience. Si une expérience regroupe plusieurs partenaires, le rôle de responsable des essais est confié à l’un d’entre eux, à charge pour les autres de nommer des délégués d'expériences.

swisstopo est représenté sur le site de St-Ursanne par une équipe de gestion chargée de mettre les programmes de recherche sur les rails (procédures du laboratoire souterrain et entreposage en couches géologiques profondes ). Cette équipe de gestion – composée d’un directeur, d’un chef de projet, d’un ingénieur, de responsables locaux, d'attachés scientifiques, d’un technicien, d'un coordinateur pour les visiteurs, d'un chargé de sécurité et d’une gestionnaire de dossiers – se charge des appels d'offre, des mandats, de la comptabilité et de la clôture annuelle des comptes en plus de la mise en œuvre du programme de recherche.

C’est l'une des commissions de suivi instaurées par le gouvernement du Jura. La Commission de suivi examine à la demande du gouvernement les programmes de recherche annuels proposés par l’exploitant swisstopo quant aux dangers locaux des expériences à risques. Le ministre en charge du dossier délivre les autorisations annuelles.