Le comité de pilotage (Steering Committee) décide, sur la base des offres ainsi que des recommandations des chefs d'expérimentation, de l’octroi des mandats aux contractants (entreprises privées ou centres de recherche de droit public tels que les universités et les grandes écoles). Le chef de projet du Mont Terri (voir Organisation) attribue ensuite les projets correspondants aux contractants. Ces mandats doivent faire état des travaux à réaliser, du produit (mesures, analyse des données, modélisation, rapports), du calendrier et des modalités de paiement. Le chef de projet du Mont Terri assume le contrôle de gestion et, une fois les factures visées par les responsables des essais ainsi que par le directeur, déclenche les opérations de paiement. 

Plus de 150 contractants, suisses comme étrangers, se sont vu attribuer à ce jour des mandats de la part des responsables du projet du Mont Terri. Le canton du Jura conserve pour sa part près de 20 pourcent du chiffre d’affaires.

Le statut juridique du consortium du Mont Terri, lequel regroupe en son sein 22 partenaires internationaux, est une société simple composée d’organismes publics et privés.